La presenza di fauna in mare è legata a gradiente di luce, pH, idrodinamismo, sedimentazione, tipo di fondale e presenza di alghe o di piante.
Nell’AMP, i fondi molli (entro i primi 10 m di profondità) sono caratterizzati da diverse specie di bivalvi, tra cui spicca Spisula subtruncata. Nei fondi biodetritici, a partire dai 20 m circa, dominano i policheti.
I fondi duri dell’Isola, scoscesi ed esposti verso il mare aperto, ospitano popolamenti sciafili, tra cui spiccano elementi del Coralligeno.
Le grotte hanno un ruolo fondamentale nell’ecosistema, essendo rifugio per molti animali vagili: corvine (Sciaena umbra), la caratteristica brotula nera (Grammonus ater = Oligopus ater), sciami di re di triglie (Apogon imberbis); tra i molluschi spicca la ciprea mediterranea (Luria lurida); tra i crostacei, abbondano il granchio-ragno di grotta (Herbstia condyliata), il gambero meccanico (Stenopus spinosus), la magnosella (Scyllarus arctus), la magnosa o cicala di mare (Scyllarides latus), il gamberetto di scoglio (Palaemon serratus) e, nascoste negli anfratti, giovani aragoste (Palinurus elephas).
La presenza di molto macrodetrito vegetale consente il pascolo dei ricci di mare (Paracentrotus lividus).
Nella zona prospiciente l’ingresso principale della grotta emersa e sulla falesia esterna si ritrova la fauna tipica delle grotte semi-oscure (spugne massive e idroidi).
La distribuzione degli organismi nelle grotte è legata anche al ricambio delle acque: nei diversi punti si possono trovare spugne massive (Ircinia sp., Clathrina clathrus, Condrosia reniformis, Petrosia ficiformis) e incrostanti, briozoi, numerosi serpulidi, filtratori passivi (Sertularella ellisi ed altri idroidi) e semi-passivi (il cirripede Balanus perforatus). I laghi interni, avendo un minore ricambio idrico e acque salmastre quasi omeoterme, presentano pH ridotto e ricoprimento biologico pressoché nullo (spirorbidi, serpulidi e briozoi, ma sulle pareti si possono osservare ampie zone di roccia nuda).
L’Isola e la falesia della costa sono sede di nidificazione del gabbiano reale (Larus cachinnans).
